在蜀期间，与布政使司、按察使司相处融洽，使巴蜀之地政令通畅，民心大顺，从此四川政权稳固，军民团结。
虽政局已定，然战后的蜀地经济衰败，百废待兴，瞿能根据实际情况，积极屯军戍边，强化军事，平定动乱，稳定民心。为响应朱元璋提出“以茶易马”的方略，瞿能在永宁（今四川叙永），雅州碉门（今四川天全）设茶马司，办理征茶买马各项事宜，以四川一带所产茶叶作为官茶，确保易马的资源保障，繁荣了经济贸易，充实了军队装备，使甘孜、阿坝、青海等雪区良马源流往内地，为大明提供了源源不断的战马，有效地提高了部队的战斗力。瞿能的治军水平得到朱元璋的高度认可。
瞿能雄才大略不说，更厉害的是他为人处世之术，不管与谁都能相处的很好，这是徐辉祖都很佩服的地方。
瞿能在四川时，与地方布政使，按察使，甚至蜀王都是相处融洽。
洪武年间，朱元璋以凉国公蓝玉不轨谋反，下令族诛，凡与凉国公蓝玉尝相往来，立命锦衣卫掩捕，株连蔓引，自公、侯、伯，以至文武官员，被杀者约两万人。
原本瞿能也在其列，因为他与凉国公蓝玉关系也很不错，但蜀王朱椿拼死力保，最后锦衣卫也没办法，只好算了。
不一会，瞿能进入大堂，拜见了徐辉祖。
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